Legenda głosi, że pierwszy kościół bujakowski poświęcił w 995 roku św. Wojciech, przechodząc przez te ziemie. Jednak najstarsza wzmianka o parafii w Bujakowie pochodzi z 1305 roku. W 1430 roku drewniany kościół został prawdopodobnie uszkodzony podczas najazdu husytów. Około 1500 roku podjęto decyzję o budowie nowej, murowanej świątyni pod wezwaniem św. Mikołaja. Najpierw powstała nawa główna, do której od strony południowej prowadził ostrołukowy portal. W XVI wieku dobudowano także kaplicę, kryptę oraz prezbiterium. Przed 1679 rokiem przy zachodniej ścianie kościoła postawiono drewnianą dzwonnicę. Oprócz figury Matki Bożej Bujakowskiej najstarszym zabytkiem w kościele jest chrzcielnica z przełomu XV/XVI wieku.

W trakcie przebudowy w latach 1922?1923 w ścianę od strony południowej wmurowano symboliczny nagrobek Karola Goduli, który za życia piastował patronat nad kościołem. W 1924 roku drewnianą dzwonnicę zastąpiono murowaną, a w jej narożniki wbudowano dwa głazy polodowcowe miejscowego pochodzenia.

Od 1942 roku parafia bujakowska nie posiadała dzwonów, ponieważ zostały one zabrane przez Niemców. Dopiero 16 maja 1977 r. otrzymała trzy nowe dzwony: Mikołaj, Maryja i Barbara. Odnaleziono także stary dzwon Konstanty z 1857 roku, który służy dziś jako sygnaturka.

W 1996 roku poświęcony został nowy ołtarz, wykonany na wzór dawnego, powstałego w 1888 roku. Namalowano też freski renesansową techniką sgraffito.

Przed kościołem znajduje się rzeźba św. Mikołaja dłuta Zygmunta Brachmańskiego. Kościół otoczony jest murem, który stanowi pozostałość dawnego XIII-wiecznego kamiennego ogrodzenia obronnego.

Na terenie ogrodu botanicznego, usytuowanego pomiędzy kościołem a domem katechetycznym, stoi kamienny krzyż pojednania z 1691 roku.

W Roku Jubileuszowym, podczas uroczystości 500-lecia kościoła i 700-lecia Bujakowa, w dniu 9 września 2000 roku metropolita katowicki abp Damian Zimoń koronował Matkę Bożą Bujakowską, ogłaszając, że ?Na uprzemysłowionym Śląsku Matka Boża w Bujakowie będzie patronką środowiska naturalnego?.